Przesyłki przesłane za pomocą epuapu rejestrują się same w Rejestrze Przesyłek Wpływających, maile które wpłyną na adres skrzynki mailowej podanej jako oficjalna do kontaktu z urzędem powinny być rejestrowane z poziomu Pulpitu Głównego za pomocą Dodaj plik z dysku i poprzez zaznaczenie opcji Zarejestruj w RPW. Z poziomu Kancelaria>Rejestracja Korespondencji powinny być rejestrowane tylko wpływające pisma papierowe. Wpływów elektronicznych nie rejestrujemy (e-puap, e-doręczenia, e-mail) w składzie chronologicznym bo nie wpływają one w postaci papierowej, a tylko dokumenty papierowe, które są skanowane lub nie są skanowane są rejestrowane w składach chronologicznych.
Zarejestrowany dokument który wpłynął drogą elektroniczna dekretujemy w systemie aż trafi on do pracownika merytorycznego i on ustala do jakiej sprawy trafi dokument (spraw prowadzona tradycyjnie - w papierze, lub spraw prowadzona elektronicznie). Jeśli dokument ma trafić do sprawy papierowej, pracownik ten powinien wydrukować dokument i dołączyć go do akt papierowych akt sprawy.
Naklejki z kodem RPW naklejamy tylko na dokumenty papierowe, które zostaną dostarczone do jednostki osobiście, gońcem lub za pośrednictwem poczty