Być może problem nie jest związany z TLv6 i DSS 6.1.1.
Jeżeli weryfikacja jest negatywna również w oprogramowaniu dostawcy jakiegoś podpisu kwalifikowanego to problem nie jest po stronie EZD RP.
Może to problem z danym typem pliku: XLSX i podpis Xades dla plików XLSX z polskimi znakami w nazwie albo inna sytuacja.